按照《全國人民代表大會(huì)常務(wù)委員會(huì)關(guān)于國務(wù)院機(jī)構(gòu)改革涉及法律規(guī)定的行政機(jī)關(guān)職責(zé)調(diào)整問題的決定》相關(guān)規(guī)定“在現(xiàn)行法律規(guī)定尚未修改前，調(diào)整適用相關(guān)法律規(guī)定，入河排污口設(shè)置管理職責(zé)由組建后的生態(tài)環(huán)境部承擔(dān)”，2018年機(jī)構(gòu)改革后，入河排污口設(shè)置管理職責(zé)由水利部劃轉(zhuǎn)至生態(tài)環(huán)境部。同時(shí)，根據(jù)《國務(wù)院辦公廳關(guān)于全面實(shí)行行政許可事項(xiàng)清單管理的通知》（國辦發(fā)［2022]2號(hào)）“江河、湖泊新建、改建或者擴(kuò)大排污口審批的實(shí)施機(jī)關(guān)為：生態(tài)環(huán)境部流域海域生態(tài)環(huán)境監(jiān)督管理機(jī)構(gòu)，省、設(shè)區(qū)的市級(jí)、縣級(jí)生態(tài)環(huán)境部門”，入河排污口設(shè)置由生態(tài)環(huán)境部門審批。